En 2010 nace la rama femenina de las «ariqueñas» bajo la gestión del coordinador Luis Barra en Santiago. Ese mismo año juega su primer campeonato hasta 2012. Un año después regresa a jugar un torneo piloto con los equipos de Universidad de Tarapaca, Máster Junior, CODE Iquique, Deportes Antofagasta, Cobreloa y Tocopilla solo en la categoría de Primera División, gracias a la labor del subgerente del fútbol joven ANFP, Luis Alberto Ramírez. En 2014 San Marcos de Arica llegó a un acuerdo con Máster Junior para jugar el certamen oficial del fútbol femenino ANFP con las series Adulta y Sub 17, pero este no pudo realizarse a causa del terremoto que afectó el Norte Grande del país. Dos años más tarde vuelven a jugar la competición profesional en la máxima división hasta 2018. Al año siguiente bajaron a la Primera B de manera arbitraria por no contar con la infraestructura necesaria ni los recintos adecuados para albergar sus partidos en comparación de Santiago Wanderers y la Universidad Católica, según argumentos del máximo organismo del balompié nacional. En la actualidad no cuentan con el apoyo de los dirigentes de la institución nortina, solamente tienen el respaldo de la marca Siker quien les confecciona su indumentaria deportiva.
Dentro de la campaña más destacada del cuadro de las nortinas fue alcanzar los cuartos de final del Torneo de Clausura del fútbol femenino 2017, en el cual cayeron ante Santiago Morning por 7-3 en la cancha 1 del Estadio Carlos Dittborn.
Este 2020, el equipo de las «Bravas del Morro» no ha podido jugar el campeonato de Primera B debido a la pandemia del Coronavirus.
En 2019 el elenco de la Región de Arica y Parinacota finalizó en el primer lugar de la zona norte de la segunda categoría del fútbol femenino chileno con 15 puntos en seis duelos jugados, cinco ganados, cero empates, una derrota, 29 goles a favor, 13 en contra y una diferencia de 16.
En la actualidad, el conjunto de las «celestes» no están entrenando a causa de que no volverá el torneo de la Primera B Femenina. Aunque en 2019 trabajaban los días martes y jueves en la cancha 2 del Estadio Carlos Dittborn. Asimismo juegan en el Estadio Canadela sus partidos por el campeonato.
San Marcos de Arica en la actualidad no cuenta con un entrenador oficial debido a la para de la pandemia del Covid – 19, por lo que no ha podido entrenar presencialmente ni por la plataforma Zoom. Aunque en 2019 fueron dirigidas por Víctor Toledo en la categoría de Primera División y por Raúl Figueroa en la serie juvenil.
Las jugadoras referentes de las «Bravas del Morro» corresponden a Linneth Silva, Katalina Arias, María Callpa, Tamara Ardiles, Camila Casanga, Bárbara Álvarez, Bianca Jiménez, Ivannia Durán y Paula Sankan. Además subieron este 2020 desde la Sub 17 las futbolistas Shannon Dubó, Javiera Gómez, Valentina Toledo, Yerezim Jiménez y Piaret Severino.
Conoce el plantel de San Marcos de Arica para esta presente temporada.
Plantel 2020
Guardametas: Ivania Durán, Carolina Maturana y Margarita Olivares.
Defensas: Linneth Silva, Malu Santander, Katalina Arias, Sui May Chang, Tamara Ardiles, Yanina Gómez, Natalia Pérez, Francisca Latorre y Paula Sankan.
Mediocampistas: Camila Casanga, Camila Vásquez, Camila Retamales, María Callpa, Laura Arrau y María José Jiménez.
Delanteras: Bárbara Álvarez, Katalina Guerrero, Joan Beyzaga, Evelyn Carlos, María Jiménez y Bianca Jiménez.